L'indépendance de l'Algérie en 1962 bouleverse sensiblement le nombre des amicales et devient une source importante de préoccupation. En effet, les amicales de ce pays sont dispersées dans un premier temps 10puis finissent par disparaître purement et simplement, tandis qu'en France métropolitaine les anciens constituent de nouvelles amicales.

La Fédération s'efforce d'appuyer dans la mesure de ses moyens l'action du général Penette en vue de l'édification du mémorial de Camerone au Mexique et participe à la préparation des cérémonies du centenaire de ce combat en 1963.

En 1965 la Fédération participe à l'organisation des manifestations du cinquantième anniversaire des combats de Champagne de 1915, qui se déroulent autour de Reims où elle organise son assemblée générale annuelle, permettant ainsi aux délégations des amicales d'assister aux cérémonies qui revêtent cette année une ampleur particulière.

Le général Louis Gaultier succède au général Flipo à la tête de la Fédération le 16 décembre 1966. Il a servi 28 ans à la Légion étrangère et fut l'initiateur du Fonds central des œuvres légionnaires, qui sera peu après transformé en Service du moral et des œuvres de la Légion étrangère, le fameux SMOLE, cher aux anciens légionnaires. Pendant près de trois ans il va se dépenser sans compter pour organiser et développer la Fédération et essayer de limiter les problèmes qui apparaissent entre certaines amicales, liés la personnalité affirmée de leurs dirigeants.

En 1968 les événements intérieurs qui troublent la France ainsi que la mort du président local obligent le président fédéral à annuler le 11e congrès qui aurait dû se tenir à Nantes.

Le général Gaultier rencontrant de graves problèmes de santé démissionne en 1969 et le général Flipo accepte de reprendre la présidence jusqu'à l'arrivée du général Spitzer en 1973.

En 1975 un attentat à l'explosif endommage gravement l'immeuble de la Fédération, rue Mouzaïa dans la nuit du 12 au 13 septembre. Heureusement aucun pensionnaire n'était présent11, il n'y a donc eu que des dégâts matériels. Les pensionnaires sont relogés provisoirement au Fort de Nogent.

La Fédération s'installe, quant à elle, dans un bureau de l'hôtel des Invalides en attendant que le général Spitzer, président de la fédération ne trouve un local plus approprié. Il fait adopter par le conseil d'administration la décision de vendre l'immeuble endommagé et d'acquérir de nouveaux locaux au 15 avenue de La Motte-Picquet  dans le 7e arrondissement de Paris, où elle se trouve encore aujourd'hui.

Le général Jean Nouguès succède au général Spitzer le 28 octobre 1978. Mais son état de santé limitera vite ses possibilités et ne lui permettra pas de mettre en œuvre les idées intéressantes qu'il avait émises, en particulier la création de comités d'étude.

Le général Compagnon est élu président de la fédération le 15 novembre 1980. Sa présidence est en particulier marquée par l'obtention de la carte de résident pour les anciens légionnaires retirés en France(12) et par son souci d'améliorer les relations entre les amicales et la Légion d'active. En 1981 la fédération participe à la commémoration du cent-cinquantième anniversaire de la création de la Légion. Cette commémoration devait être marquée aussi par la réalisation d'un timbre-poste mais celui-ci ne verra le jour qu'en 1984 bien que la demande en ai été initiée par son prédécesseur dès 1979.

En 1985 la fédération participe de nouveau à une importante cérémonie pour la commémoration des combats de Champagne de 1915.